La confidencialitat de les dades quan es treballa amb dades SIDIAP sempre està garantida mitjançant un sistema de codificació de les variables identificatives dels individus que defineixen la població d’estudi. L’equip investigador no té accés a aquest sistema de codificació.
En el cas de que SIDIAP s’hagi de creuar amb una font externa, SIDIAP sol·licita a un agent extern (tercera part), que sempre és un membre de SISAP (Institut Català de la Salut) i que no té accés a la informació relativa a la història clínica de la població del projecte i sí que té accés a una plataforma intermitja amb identificadors i codis, la generació d'aquests identificadors relacionats amb els codis de la població d'interès. Posterioment es procedeix al creuament de les bases de dades, que són transferides a SIDIAP.