La confidencialidad de los datos cuando se trabaja con datos SIDIAP siempre está garantizada mediante un sistema de codificación de las variables identificativas de los individuos que definen a la población de estudio. El equipo investigador no tiene acceso a este sistema de codificación.
En caso de que SIDIAP deba cruzarse con una fuente externa, SIDIAP solicita a un agente externo (tercera parte), que siempre es un miembro de SISAP (Instituto Catalán de la Salud) y que no tiene acceso a la información relativa a la historia clínica de la población del proyecto y sí que tiene acceso a una plataforma intermedia con identificadores y códigos, la generación de estos identificadores relacionados con los códigos de la población de interés. Posteriormente se procede al cruce de las bases de datos, que son transferidas a SIDIAP.